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La imagen de la Virgen de la Candelaria registra su presencia desde el año 1580, en la Meseta del Collao. En el año de 1562, se funda la Parroquia San Juan Bautista en Puno, en cumplimiento de la ordenanza prelatural del obispo de La Paz, y se desmembra de la parroquia de Paucarcolla, de la que dependía administrativa y parroquialmente. Hecho que el mismo año fue puesto en conocimiento del Virrey García Sarmiento de Sotomayor, Conde de Salvatierra, del Virreynato del Perú. La capilla guarda la imagen de la Virgen de la Candelaria. Los misioneros jesuitas y dominicos, se encargaron de la catequización de la región.
En 1887, el templo se encontraba totalmente reconstruido, casi tal como se aprecia actualmente. En 1988, en el día de la Fiesta de la Presentación de Jesús en el Templo, monseñor Jesús Mateo Calderón Barrueto, obispo de la Diócesis de Puno, elevó el templo parroquial de “San Juan Bautista” a la categoría de “Santuario de la Santísima Virgen de la Candelaria” el 7 de febrero de 1988.